לגידול בעלי-חיים יש נפח ייצור גדול, והוא פרוס על פני שטחים נרחבים. לגידול בעלי-חיים במגזר החקלאי יש השפעה גדולה מאוד על איכות הסביבה. למשל: בישראל מגדלים היום כ - 125,000 פרות חולבות ב - 369 יישובים. הן יוצרות זיהום השווה לזיהום שיוצרת כל האוכלוסייה האנושית בארץ.
המפגעים הם קשים - זיהום מים וקרקע, ריח רע וזבובים, זיהום הנוף ופגיעה בערכי נוף, העברת מחלות וכיוצא בזאת. עם זאת, המפגעים אינם כוללים כימיקלים מרוכזים המסוכנים לאדם (כגון חומרי הדברה ודשנים מסוימים), ולפסולת (שתן, פרש, לשלשת) יש פוטנציאל גדול לשימוש חוזר ולמיחזור, ולכן טמונה בפסולת כדאיות כלכלית.
הדרכים לפתרון קשורות בעיקר בתכנון מראש של מבני משק לגידול בעלי-חיים, השבה חקלאית של זבל ושפכים, הקמת מערכות למחזור נוזלים, הפניית כל הפגרים והפסדים למכוני עיבוד פסדים, למשרפות ולאתרי פסולת מאושרים.