המשרד להגנת הסביבה מפעיל שישה מחוזות ברחבי הארץ מצפון עד דרום. כל אחד מהמחוזות אחראי ליישום המדיניות הסביבתית-לאומית בתחומו, בהתחשב במאפיינים ובצרכים הסביבתיים הרלוונטים לו. אנשי המחוז יוזמים ומקדמים פרוייקטים סביבתיים בתחומם בתיאום עם המטה הראשי, וכן מעורבים בתהליכי התכנון המקומיים, בפיקוח ואכיפה של חוקי איכות הסביבה ברשויות המקומיות, במתן רישיונות עסק ובהנחיית היחידות הסביבתיות בתחום שיפוטם.