בשנת 1996 גובשה תוכנית אב לנחל הירקון, שעיקרה יצירת ריאה ירוקה לאזור והפיכת הירקון מ"חצר אחורית" ל"חצר קדמית". רשות הנחל פועלת לשיקום המערכת האקולוגית של הנחל, שיפור איכות המים, פתרון לבעיות הניקוז והביוב, שמירה על המבנים הארכיאולוגיים לאורך הנחל ועוד.

מאז החלה הרשות את פעילותה, חל שיפור משמעותי באיכות מי הירקון ובסביבותיו. עבודות השיקום והתחזוקה של נחל הירקון תופסות מקום חשוב ועיקרי בעבודת הרשות. הרשות פועלת באופן קבוע לטיפול באפיק וגדותיו, הוצאת סחף, פינוי גרוטאות ועצים שעלולים להוות סכנה לנחל ולשטים בו, שיקום סכרים וניקיון.

תפקידי רשות נחל הירקון מוגדרים בסעיף 4 בצו רשות נחל הירקון, התשמ"ח - 1988: "תפקידי רשות הנחל הם לתכנן ולבצע את הפעולות המפורטות בסעיף 3 (א) לחוק, ובכלל זה לפעול למניעת זיהום הנחל, לשיקומו ולהכשרתו לצורכי קיט ונופש". סעיף 3 (א) בחוק רשויות נחלים ומעינות, התשכ"ה-1965 מציין כי: "(א) תפקידה של רשות נחל הוא לתכנן ולבצע את הפעולות המפורטות להלן, כולן או מקצתן, כפי שייקבע בצו לפי סעיף 2:

1. הסדרתה של זרימת המים בנחל, במגמה לשמור על מפלס מים מתאים בכל חודשי השנה.
2. ניקוזו הסדיר של תחום הרשות.
3. קביעת תוואי לנחל, או העברתם של מי הנחל או מקור המים לאפיקים אחרים.
4. הסרת מפגעי תברואה הכרוכים בזיהום הנחל או מקור המים או בזרימתם של מימיו.
5. שמירת הנוף ומתנות הטבע לאורך בשתי גדותיו או מסביב למעיין, למעט נחל ומעיין שבתחומי גן לאומי או שמורת טבע, כמשמעותם בחוק גנים לאומיים ושמורות טבע, תשכ"ג- 1963, והכשרת שטחים אלה לצרכי גנים, נופש וספורט.
6. הסדרתה של חלוקת המים בין המעונינים בהם.
7. הסדרת דרכי השימוש בנחל או במקור המים על ידי המעוניינים".