ישראל ענייה ביותר במשאבי מים במונחים של כמות המים הזמינה לנפש, גם יחסית למדינות אחרות במזרח התיכון, כגון מצרים, סוריה, לבנון או טורקיה. מקורות המים הדלים, העומדים כיום לרשות ישראל, מצויים בסכנה מתמדת של זיהום בפסולת מוצקה, שפכים, דלקים, חומרי גלם ותוצרים תעשייתיים. גורמי זיהום אלה עלולים לגרום לפסילתם של מקורות המים לשימוש כמי שתייה ואף להשקיה. הגידול באוכלוסייה והעלייה ברמת החיים וברמת התיעוש צפויים להביא הן להקטנת כמות המים הזמינה לנפש והן להגדלת פוטנציאל המזהמים.
חלק ניכר ממי התהום באקויפר החוף, מאגר המים הרב-שנתי היחיד של ישראל, כבר הומלח או הזדהם ללא תקנה. בשל כך אקוויפר ההר, שמימיו הם באיכות הטובה ביותר, יועד בעבר לשמש מקור עתידי להספקת מי שתייה למרכזי האוכלוסייה הגדולים. אולם, הפיתוח הצפוי ביהודה ובשומרון מחד והעדר תשתיות לטיפול בשפכים ובפסולות מאידך, עלולים לגרום להידרדרות מהירה באיכות המים באקוויפר ההר, במיוחד נוכח רגישותו הרבה לתהליכי זיהום.
לכך יש להוסיף את הקושי הקיים בניטור איכויות המים בקידוחים, גורמי זיהום שונים, ואת אי היכולת לבצע אכיפה משמעותית מול מזהמים שבשטחי האוטונומיה. המשרד לאיכות הסביבה הוא הגוף העיקרי הנושא באחריות למניעת זיהום מים, מכוח הגדרת תפקידו, סמכויותיו והחוקים שלרשותו.
האגף למים ונחלים במשרד מופקד על קביעת מדיניות ודרכי פעולה למניעת זיהום מים, תוך שיתוף פעולה עם מנהלי משק המים ועם אגפים שונים במשרד התורמים לנושא זה. שימור משאבי המים הוא האתגר הסביבתי הגדול ביותר הניצב כיום בפני מדינת ישראל. לשם כך יש צורך בפיתוח ידע, בכוח אדם, בסמכויות חוקיות ומינהליות, בציוד ובתקציבים. זאת כדי לאפשר פיתוח, שכלול והגברת אכיפה של חוקים, תקנות והנחיות למניעת זיהום מים.
דרישות המשרד להגנת הסביבה בנושא איטום בריכות עפר באזורים בעלי רגישות הידרולוגית נמוכה במתקנים חדשים לטיפול שפכים עירוניים ובמתקני טיפול אגרו-אקולוגיים חדשים